Structures

Phospholipide im fluiden Zustand

Simulation von fünf Membranlipidmolekülen 1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholin im fluiden/flüssigen Zustand. Man beachte die verschiedenen Konformationsmöglichkeiten der Fettsäurereste.

Heller, H., Schaefer, M., Schulten, K. (1993). Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. J. Phys. Chem. 97, 8343-60.

Membran im festen Zustand mit H2O-Molekülen

Simulation eines festen/erstarrten Membranbilayers bestehend aus 200 Lipidmolekülen 1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholin inklusive 5483 Wassermolekülen als Lösungsmittel für die hydrophilen Lipidköpfchen.

Heller, H., Schaefer, M., Schulten, K. (1993). Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. J. Phys. Chem. 97, 8343-60.

 

Membran im festen Zustand ohne H2O-Moleküle

Simulation eines festen/erstarrten Membranbilayers bestehend aus 200 Lipidmolekülen 1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholin. Das Modell enthält keine Wassermoleküle.

Heller, H., Schaefer, M., Schulten, K. (1993). Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. J. Phys. Chem. 97, 8343-60.

Membran im fluiden Zustand mit H2O-Molekülen

Simulation eines fluiden/flüssigen Membranbilayers bestehend aus 200 Lipidmolekülen 1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholin inklusive 5483 Wassermolekülen als Lösungsmittel für die hydrophilen Lipidköpfchen.

Heller, H., Schaefer, M., Schulten, K. (1993). Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. J. Phys. Chem. 97, 8343-60.

Membran im fluiden Zustand ohne H2O-Moleküle

Simulation eines fluiden/flüssigen Membranbilayers bestehend aus 200 Lipidmolekülen 1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholin. Das Modell enthält keine Wassermoleküle.

Heller, H., Schaefer, M., Schulten, K. (1993). Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. J. Phys. Chem. 97, 8343-60.

Psilocyn

Psilocyn ist ein Mykotoxin mit halluzinogener Wirkung und wird von Magic Mushrooms (Psilocybe spp.) erzeugt.

Psilocybin

Psioloybin ist ein Mykotoxin mit halluzinogener Wirkung und wird von Magic Mushrooms (Psilocybe spp.) erzeugt.

Muscimol

Muscimol ist ein Mykotoxin mit halluzinogener Wirkung und wird vom Fliegenpilz (Amanita muscaria) erzeugt.

Ibotensäure

Ibotensäure ist ein Mykotoxin mit halluzinogener Wirkung und wird vom Fliegenpilz (Amanita muscaria) erzeugt.

S-Adenosylmethionin

S-Adenosylmethionin ist im Stoffwechsel an der Übertragung von Methylgruppen (-CH3) beteiligt.

Sulfanilamid

Sulfanilamid ist eine Antibiotikum aus der Gruppe der Sulfonamide und hemmt die bakterielle Folsäurebiosynthese.

Folsäure

Folsäure ist ein Vitamin, das der Mensch mit der Nahrung aufnehmen muss.

4-Aminobenzoesäure

4-Aminobezoesäure ist Bestandteil der Folsäure.

Peptidoglykan

Die Struktur ist ein Grundbaustein des Mureins, das den Hauptanteil in der bakteriellen Zellwand ausmacht. Das Molekül besteht aus N-Acetylglukosamin und N-Acetylmuraminsäure, die ein Pentapeptid gebunden hat.

tRNA-Phe

Die dreidimensionale Struktur der tRNA-Moleküle ist L-förmig. Die hier gezeigte tRNA ist spezifisch für die Aminosäure Phenylalanin und stammt von E. coli. Das Molekül hat die Aminosäure noch nicht gebunden.

RNA-Hairpin Modell

Theoretisch berechnete 3D-Struktur eines RNA-Hairpins mit der Sequenz 5'-UAAUCCACGGCCGCCAGUUUGGGCUGGCGGCAUUUU-3' aus der Terminatorregion eines prokaryotischen Gens.

Der Loop im Hairpin besteht aus sechs Nukleotiden, ist jedoch schwer zu identifizieren.

RNA-Polymerase Holoenzym

Das Holoenzym der RNA-Polymerase von E. coli umfasst den Sigma-Faktor sowie das Core-Enzym. Es ist ein kurzlebiger Proteinkomplex, der nur zu Beginn der Transkription in der Promotorsequenz eines Gens auftritt. DNA oder mRNA sind in der gezeigten Struktur nicht enthalten.

Sigma-Faktor mit DNA

Der Sigma-Faktor von E. coli hat spezifisch im Bereich der -35-Sequenz eines Promotors an die DNA gebunden. 

RNA-Polymerase Core-Enzym

Core-Enzym der RNA-Polymerase von Escherichia coli ohne DNA und mRNA.

DNA Basenpaar G-C

Die beiden Nukleoside 2'-Desoxyguanosin und 2'-Desoxycytidin sind über drei Wasserstoffbrücken gepaart.

 

DNA Basenpaar A-T

Die beiden Nukleoside 2'-Desoxyadenosin und 2'-Desoxythymidin sind über zwei Wasserstoffbrücken gepaart.

DNA Einzelstrang 5'-ATGC-3'

Simulation eines DNA-Einzelstrangs mit der Sequenz 5'-ATGC-3'.

Uracil

Uracil ist eine Nukleinbase. Sie ist charakteristisch für die RNA und tritt an den Positionen auf, an denen in der DNA ein Thymin vorkommt.

Thymin

Thymin ist eine Nukleinbase und charakteristisch für die DNA. In der RNA tritt an ihrer Stelle Uracil auf.

Cytosin

Cytosin ist eine der vier Nukleinbasen der DNA und RNA.

Guanin

Guanin ist eine der vier Nukleinbasen der DNA und RNA.

Adenin

Adenin ist eine der vier Nukleinbasen der DNA und RNA.

Lipid A

Lipid A ist Bestandteil der Lipopolysaccharide und verankert diese in der äusseren Membran gramnegativer Bakterien.

Dipicolinsäure

Das Calciumsalz der Dipicolinsäure ist in hoher Konzentration im Zytoplasma bakterieller Endosporen enthalten. Es ersetzt die Wassermoleküle und trägt zur grossen Hitze- und UV-Stabilität der Endosporen bei.

Penicillin G

Penicillin G ist ein Antibiotikum, das hauptsächlich gegen grampositiven Bakterien wirkt. Bei sich aktiv teilenden Zellen verhindert es die Ausbildung der Zellwand. Es hemmt das Enzym Transpeptidase, das die Glycanketten durch kurze Peptidbrücken miteinander verbindet.